Il Museo è stato fondato il 1º gennaio 1962.
All’inizio il museo si trovava nella Gru medievale di Danzica, ma presto iniziò a ramificarsi.
Nel 1963 è stato aperto il primo ramo – il Museo del Faro nel Faro di Rozewie – seguito dal Museo della Pesca sulla penisola di Hel nel 1972.
Nel 1984, furono aperte altre filiali – il Museo del Fiume Vistola a Tczew, così come il veliero Dar Pomorza (precedentemente nave di addestramento dell’Accademia Navale di Gdynia), che era stato convertito in una nave museo divenne una nuova filiale del Museo Marittimo.
La successiva nave museo che si unì alla “flotta” del Museo Marittimo fu la Sołdek – la prima nave oceanica (piroscafo) costruita a Danzica dopo la seconda guerra mondiale.
È stata consegnata al Museo nel 1989.
Sempre nel 1989, il Museo ha ottenuto i granai restaurati ad Ołowianka, un’isola che forma il centro del vecchio porto di Danzica.
Dal 2000, 5 granai appartengono al Museo e sono stati convertiti nel suo edificio principale.
